1950-1954: Képző és Iparművészeti Gimnázium, tanára: Ridovics László. 1955-1961: Magyar Képzőművészeti Főiskola, tanárai: Kmetty János, Bencze László, Fónyi Géza és Pór Bertalan. 2005: Kossuth-díj. Kmetty jelentette számára a legtöbbet mind szakmai, mind emberi vonatkozásban. 1958-ban lakásán kialakította az ún. Zuglói Kört. A csoport tagjaival – köztük Bak Imre, Nádler István, Deim Pál – modern művészetről elméleti és festői tanulmányokat folytattak. Önképző módszerrel egymás munkáit elemezték. 1962-ben megírta a Festői elemek analízise című elméleti és metodikai traktátust. Egy évet a Kecskeméti Művésztelepen dolgozott. Megismerkedett Hamvas Bélával, majd szoros tanítványi kapcsolatba került vele. 1965-ben megismerkedett Párizsban Jean Bazaine-nel és a Tradicionális fiatal francia festők csoportjának tagjaival. 1966-ban kidolgozta a festő-jóga elméletét. 1982-ben megismerkedett Claude Viallat-val, a Supports/Surfaces csoport tagjával. 1986-ban vendégtanár Nimes-ben a Képzőművészeti Főiskolán, 1990-től a Magyar Képzőművészeti Egyetem egyetemi tanára. 1992-ben Munkácsy-díjat kapott, 1993-ban a Széchenyi Irodalmi és Művészeti Akadémia tagja. Az 50-es évek végén Molnár Sándor önfejlesztő programot dolgozott ki: 1. Festői gyakorlat által megérteni a korszerű művészeti törekvéseket. 2. Kortárs egyetemes festőművészet nagy alkotóinak írásait megszerezni és lefordítani. 3. Megismerkedni az idősebb generáció avantgárd alkotóival, Gyarmathy Tihamérral, Lossonczy Tamással, Martyn Ferenccel, Veszelszky Bélával. 1955-ben tanulmányozta a buddhizmust és a jogát – 1956-tól festi absztrakt képeit. A francia lírai absztrakció formaképzési rendszeréből indult ki, a természeti motívum képi transzformációja során átalakul, s az egyes alakzatok egymással kapcsolatba kerülnek, átformálják egymást. Magát a folyamatot ~ áthatásnak nevezi. A módszer a Zuglói Kör alkotói technikájává vált. 1966-ban rendezte első kiállítását Budapesten, a Mednyánszky Teremben, mely a lírai-absztrakt periódusának összegzése volt. Ezt követte 1969-ig az Unikolor korszak, a nevet Kmetty János adta. Molnár üres képeknek nevezi a monokróm festményei sorozatát. Azt vizsgálta, hogyan képesek a gomolygó, lebegő formákban színfolyamok a téri mélység érzetét kelteni. 1969-ben lezárult a felkészülés időszaka. Kidolgozta a festőjógát, a négy ősi elem és az alkímiai műveletek metaforikus alkalmazásával. Ekkor érlelődött meg benne az elhatározás, hogy korszerű kelet-európai művészetet hozzon létre. Hamvas Bélának a hazai táj géniuszáról vallott elméletét alkalmazza a kelet-európai szellemiség meghatározásánál. Az üres festményeket felváltották a természeti látványt a geometrikus szerkezetes rendbe transzponáló művek, amelyeket a Föld elemmel azonosít. Ekkor készült a Principium-sorozat, a föld-művelet 1977-ig tartott. 1978–1980 között a franciaországi Supports/Surfaces csoport törekvéseivel párhuzamosan lemondott a festék használatáról. A keretet kötelekkel, vásznakkal, lécekkel töltötte be, szerkesztette képpé. 1980 után következett a víz-művelet, ez tíz évig tartott. A Metamorfózis-sorozat átívelt a két műveleten keresztül. A szerves alakzatok megszaporodtak képein, az évtized közepére tovább növekedett a festményeket betöltő jelentéssel felruházott motívumok szerepe. A víz-műveletet a mítosszal azonosítja, mely szoros kapcsolatban áll a tudatalattival, az ösztönök világával. A festőjóga egyes ciklusai nem különíthetőek el élesen egymástól, így az évtized közepén megjelent a tűz-elem. Az első periódus a kalcináció, a lélek megtisztítását, a belső erőkkel folytatott küzdelem képi formái a valóságos lángnyelvek lobogását idézik. A motívumok szétfeszítik a festmény négyzetes kereteit, fölfelé futnak a falon. A Tumo-sorozat (tumo a lélek tüze, a jógik próbatétele a tibeti misztikában) ível át a tűz korszakán. A második művelet a redukció. A festményeket elhagyja a féktelenül lobogó szenvedély, a barokkosan rohanó motívumok helyét a letisztult, kivilágosodó formák töltik be. A harmadik szakasz a szublimáció, a tűz csendes szunnyadásának képzete. A festmények eddigi centrális elrendezését felváltotta az erővonalak mentén telepített középpontok szerkesztési rendszere. A kristályosodási pontokban geometrikus alakzatok jelentek meg. A következő fázis, a kristály szellemi világa, ahol a számok és a geometria örök rendje uralkodik. Az örvénykristályon keresztül vezet az út a beteljesedés, az üresség felé. Jelenleg a kristály periódusnál tart, s reméli, hogy eljut művészetének betetőzéséhez, az ürességhez, melyet a levegővel azonosít. A tárgy és a forma nélküli nyugtalan, érzékelhetetlen, örökké áradó kimeríthetetlen űr képeihez. A tűzkorszak idején jelentős plasztikai kollekciót hozott létre. Szobraiba talált tárgyakat: csontot, gipszet, műbőrt, szivacsot dolgoz be, ezeket műbőr bevonattal egyneműsíti.